Църквата е построена и стенописана по волята на българския цар Иван Асен ІІ в чест на голямата му победа над епирския деспот Теодор Комнин през 1230 г

Църквата “Св. 40 мъченици” във Велико Търново е един от най-известните храмове в България, построен и стенописан по волята на българския цар Иван Асен ІІ в чест на голямата му победа над епирския деспот Теодор Комнин през 1230 г. В средата на ХІІІ в. около храма се създава “царски манастир” – Великата лавра. При по-късните преустройства са изградени странични галерии и монументален притвор, а около храма се оформя голям некропол.

Знаменитата търновска църква е център на редица важни събития. В нея се намират едни от най-емблематичните паметници на българската историческа памет – колоните на хан Омуртаг (815 – 831) и на самия цар Иван Асен ІІ с известните надписи върху тях. Използвана е една колона и от времето на хан Крум (803 – 814). При археологически проучвания, проведени в манастирския комплекс, са разкрити гробовете на редица видни личности от Средновековието. На-голям сред тях буди този на българския цар Калоян, починал при обсадата на Солун през 1207 г. След смъртта му българските войски пренасят тържествено тялото на владетеля в столицата, където той е погребан с държавни почести.

Предполага се, че в църквата е бил гробът и на друг от най-великите български царе – този на Иван Асен ІІ. В църквата “Св. 40 мъченици” са се пазели мощите на св. Иларион Мъгленски. Този български светец и чудотворец е роден в Охрид в началото на ХІІ в. След като получава добро образование, става игумен на някои от големите манастири около Охрид. Заради големия си авторитет към 1140 г. е назначен за епископ на българския град Мъглен. Прославя се като един от най-ревностните защитници на православието от еретическите учения. През 1206 г. мощите му са пренесени в Търново от цар Калоян. След завладяването на столица от турците през 1393 г. те са отнесени в Северна Македония от владетеля на Велбъжд Константин Деянов.

В храма са се съхранявали и мощите на св. Сава Сръбски. Делото на неговия живот е учредяването на самостоятелната Сръбска архиепископия (1219 г.). На връщане от дипломатическа мисия в Светите места на Близкия изток той гостува на българския цар Иван Асен ІІ. Тук го застига и смъртта му на 14 януари 1236 г. Погребан е в църквата “Св. 40 мъченици”. Впоследствие мощите му са пренесени в Сърбия, но гробът му продължава и след това да е обект на поклонничество.

Църквата “Св. 40 мъченици” е свързана с редица събития от най-новата история на България, най-важното сред които е обявяването на нейната независимост на 22 септември 1908 г., обясняват екскурзоводите към Туристическия информационен център "Царевгра Търнов".