Мощите му били тържествено поставени в църквата "Св.Апостоли" в Цариград

Св.Никифор бил възведен за цариградски патриарх в 806 г., няколко години след като Седмият Вселенски събор осъдил иконоборческата ерес. Той с всички сили се борел против разврата и свободните нрави, които силно се били разпространили в столицата; стараел се да възстанови мира в Църквата и да прекрати смутовете, появили се поради лъжеученията и притесненията.

В същото време той намирал сили и възможност да се занимава и с научно–богословски трудове: написал история на Църквата до негово време, защитавал писмено догматите на православната вяра.

В това време царувал император Лъв Арменец - жесток гонител на светите икони, който се стремял да склони на своя страна и патриарха. Но св. Никифор му отговорил с твърдост: "Напразни са трудовете ти, царю. Ние не можем да изменим древното предание; ние почитаме изображенията на светците, както почитаме Кръста и Евангелието."

Императорът не послушал увещанията на светите служители на Църквата и започнал страшно гонение против почитателите на светите икони по цялата империя. Св. Никифор ободрявал и утешавал страдащите, наставлявал ги на истината, убеждавал ги да не отстъпят от древните предания на светата Църква. "Не бой се, малко стадо – казвал той на правоверните, - защото вашият Отец благоволи да ви даде царство."

Царят се убедил, че докато патриарх Никифор е в Цариград, той не ще сполучи да затвърди иконоборството. Затова решил да свика събор от свои съмишленици, които свалили патриарха, а царят го пратил на заточение в остров Проконис, където – след борби и страдания – умрял в 828 година.

Дванадесет години след смъртта му, когато иконоборството било оборено и окончателно отхвърлено, Цариградският патриарх св.Методий убедил императрица Теодора да пренесе в Цариград мощите на светия страдалец и те били тържествено поставени в църквата "Св. Апостоли".